Huppert sinh tại Paris; cha là Raymond Huppert - kỹ nghệ gia gốc Hungary, mẹ là Annick Beau - giáo viên Anh ngữ. Từ nhỏ bà được mẹ khuyến khích tập diễn xuất và từng tham gia vai thiếu nhi trong vài phim. Sau đó bà theo học tại Nhạc viện Versailles và Học viện Kịch nghệ Quốc gia Paris CNSAD.

Sau thành công bước đầu trong lĩnh vực kịch nghệ, Huppert bắt đầu đóng phim truyền hình năm 1971. Vào năm sau bà xuất hiện trong phim nhựa Faustine et le bel été - Faustine và mùa hè đẹp. Phim kế tiếp Les Valseuses - Những cô gái nhảy điệu Valse giúp công chúng thêm chú ý đến bà. Vai diễn một nhân viên bưu điện bị tâm thần, giết người trong phim La Cérémonie của đạo diễn Claude Chabrol đã giúp bà đoạt giải Giải César về nữ diễn viên xuất sắc nhất vào năm 1996. Bà đóng vai chính trong phim La Pianiste của đạo diễn Michael Haneke dựa theo tiểu thuyết cùng tên của nữ văn sĩ nước Áo đoạt giải Nobel văn chương năm 2004 - Elfriede Jelinek. Trong phim này, bà đóng vai cô giáo trung niên dạy dương cầm, mắc chứng thị dâm và khổ dâm, có quan hệ tình cảm kỳ dị với cậu học trò trẻ tuổi của mình. Vai diễn này giúp bà đoạt Giải nữ diễn viên chính xuất sắc nhất tại Liên hoan phim Cannes năm 2001. Năm 2004 bà tham gia phim Ma mère - Mẹ tôi - của đạo diễn Christophe Honoré, phim này bị dư luận phê phán nhiều về nội dung tình dục và vô luân của nó. Trong phim bà đóng vai Hélène, một bà mẹ trung niên, hấp dẫn, phóng đãng; có quan hệ loạn luân với cậu con ruột 17 tuổi.

Năm 2012 Isabelle Huppert tham gia trong 2 phim cùng tranh giải Palme d'Or - Cành cọ vàng dành cho Phim xuất sắc nhất củaLiên hoan phim Cannes: Amour - Tình yêu và In Another Country - Ở một đất nước khác. Kết quả công bố là phim Amour đã giành giải thưởng danh giá này.